Определения тропизма и субтипов ВИЧ по нуклеотидной последовательности петли V3 белка gp120 гена env ВИЧ-1

Цель исследования. Установить тропизм и субтипы ВИЧ по нуклеотидной последовательности петли V3 белка gp120 гена env ВИЧ-I в группе пациентов, проживающих в Гродненской области.

Материал и методы. Определение тропизма ВИЧ-1 к корецепторам CCR5 и CXCR4 выполнено у 98 ВИЧ- инфицированных пациентов, проживающих в Гоодненской области. В ходе исследования определяли нуклеотидную последовательность петли V3 gp120 гена env ВИЧ. Тропизм ВИЧ устанавливали с помощью набора реагентов «АмплиСенс HIV-Resist-Seq» производства ФБУН ЦНИИ эпидемиологии (Россия) согласно инструкции производителя (FPR=20%). Субтип ВИЧ определяли на основании нуклеотидных последовательностей фрагмента гена белка оболочки с помощью ресурса REGA HIV-1 Subtyping Tool Ver. 3.0. Филогенетический анализ последовательностей петли V3 гена белка оболочки ВИЧ осуществляли при помощи ПО MEGA ver. 6.06.

Результаты. Удельный вес пациентов, инфицированных R5-тропным ВИЧ, составил 64,3%, инфицированных не R5-тропным ВИЧ — 35,7%. Расчетное количество пациентов Гродненской области, инфицированных R5-тропным ВИЧ, на 01.06.2016 составило 449 [424—474], пациентов, инфицированных не R5-тропным ВИЧ, — 250 [226—270]. Не установлено корреляций между характером тропизма вируса и клиническими проявлениями ВИЧ-инфекции. У 91 (96,8%) пациента определен субтип А, у 3 — субтип В (3,2%). Выявлена высокая схожесть нуклеотидных последовательностей V3 петли гена оболочки ВИЧ-1 исследуемых образцов с последовательностями ВИЧ-1, полученными ранее на территории России, Беларуси и Украины и депонированными в базу данных Национальной лаборатории Лос-Аламоса.

Контактная информация:

Матиевская Наталья Васильевна— д. м. н., доцент, зав. кафедрой инфекционных болезней.

Гродненский государственный медицинский университет. 230009, г. Гродно, ул. Горького, 80; сл. тел. +375 152 43-53-01.

Участие авторов:

Концепция и дизайн исследования: Н. В. М. Сбор и обработка материала: И. О. Т., Д. Е. К. Статистическая обработка данных: Н. В. М., И. О. Т., Д. Е. К. Написание текста: Н. В. М., И. О. Т., Д. Е. К. Редактирование: Н. В. М.

Конфликт интересов отсутствует.

Ключевые слова: , , ,
Автор(ы): Матиевская Н. В., Токунова И. О., Киреев Д. Е.
Медучреждение: Гродненский государственный медицинский университет, ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора