ЭФФЕКТИВНОСТЬ ПОИСКОВЫХ СИСТЕМ ИДЕНТИФИКАЦИИ БЕЛКОВ, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ ФИКСИРОВАННОЙ В ФОРМАЛИНЕ ТКАНИ ПАЦИЕНТОВ С КОЛОРЕКТАЛЬНЫМ РАКОМ

Цель исследования. Определение наиболее эффективного алгоритма секвенирования белков, выделенных из фиксированных в формалине образцов операционного материала, полученного от пациентов с колоректальным раком; сравнение работы протеомных поисковых машин, идентифицирующих максимальное количество валидированных белков с минимальными временными затратами.

Материал и методы. Исследовали 10 фиксированных в формалине образцов, взятых из гистологического операционного материала 10 пациентов с колоректальным раком. Для определения количественного и качественного белкового состава образцов ткани использовали метод масс-спектрометрии. Идентификацию полученных спектров выполняли с помощью 8 протеомных поисковых машин: OMSSA, X-Tandem, MyriMatch, MS Amanda, MS-GF+, Comet, Tide, Andromeda.

Результаты. Наибольшую эффективность среди протеомных поисковых машин с открытым исходным кодом показали MS-GF+, X-Tandem и MyriMatch. Использование комбинации двух и более поисковых систем позволяет исключить сомнительные результаты и при этом сохранить высокую производительность анализа.
X-Tandem не только позволяет идентифицировать наибольшее количество белков, но и показывает высокую скорость сканирования.

Заключение. Анализ белкового состава тканевых образцов с использованием комбинации протеомных поисковых машин MS-GF+, X-Tandem и MyriMatch позволит увеличить эффективность работы за счет технического планирования алгоритма без дополнительной пробоподготовки и материальных затрат на специализированное программное обеспечение.

 

Контактная информация:

Рукша Ксения Геннадьевна — аспирант кафедры
патологической анатомии.

Белорусский государственный медицинский университет.

Пр. Дзержинского, 83, 220116, г. Минск.

Сл. тел. +375 (17) 398-72-37.

Участие авторов:

Концепция и дизайн исследования: К. Г. Р., А. С. П.

Сбор и обработка материала: К. Г. Р., Е. П. Ш., А. А. Д., А. С. П

Статистическая обработка данных: Н. А. Е.

Написание текста: К. Г. Р.

Редактирование: Д. А. Д., А. С. П.

Конфликт интересов отсутствует.

 

 

Ключевые слова: , , ,
Автор(ы): К. Г. РУКША, Н. А. ЕФРЕМОВ, Е. П. ШУПИЛОВА, А. А. ДРАНИЦА, А. Д. ЖИЛКО, Д. А. ДАВЫДОВ, А. С. ПОРТЯНКО
Медучреждение: Белорусский государственный медицинский университет, Минск, Беларусь, РНПЦ онкологии и медицинской радиологии имени Н. Н. Александрова, Минск, Беларусь